8月7日，美国驻东非两国的使馆被炸，拉登涉嫌与这两起爆炸案有牵连，克林顿总统把拉登称为“头号公敌”，这位遭流放的沙特亿万富翁被列为策划爆炸的头号嫌疑犯。
但塔利班对此严辞否认。星期六，即爆炸后的一天，塔利班坚持说拉登与两起爆炸事件无关。
安全分析家们认为他完全有能力也有动机组织高度严密的袭击。然而，塔利班宣称拉登：“没有能力，也没有得到许可做这样的事，任何猜疑都是拉登和伊斯兰的敌人的反面宣传。”
塔利班新闻部长还透露了塔利班最近与沙特情报机构签署了一项合约，保证不允许拉登从塔利班控制的领地上发动任何策反沙特的行动。然而，他补充说，他们没有对美国作出相同的许诺。8月18日，美国国务卿奥尔布赖特要求阿富汗塔利班当局引渡拉登，并以此作为对其承认的条件。但塔利班最高领导人乌马尔拒绝了有关拉登卷人爆炸案的指控，要美国拿出证据。8月20日，美国出于报复，向阿富汗境内拉登营地发射了数十枚巡航导弹，企图一举消灭拉登本人及其同伙。但从这次袭击战果来看，不仅拉登安然无恙，袭击对拉登营地及同伙的打击效果也不像预期的那样好。作为当今世界头号军事强国的美国，自然清楚军事手段的局限性。美国当局或许已意识到，要想铲除拉登，还得来点“灵活性”。
就在那次空袭后不久，美国即放出风说，美方正在考虑怎样就抓获拉登与塔利班谈判。
空袭之前，塔利班曾就是否引渡拉登与美国谈判并发表声明，但说法不尽相同。
塔利班发言人瓦基·艾哈迈德·穆塔瓦尔基表示，如果美国能提供充分证据证明拉登卷入了那两起爆炸案，“我们将坐下来与美国谈判”。
但塔利班“外交部长”哈桑·阿克汉德却说：“即使拉登被证明参与了爆炸案，他也不会被引渡。”
空袭之后，塔利班对美国则是一派谴责、声讨，要求美国“向伊斯兰世界道歉”。
8月22日，塔利班重申“决不引渡拉登”。
8月下旬，当克林顿绯闻真相曝光后，塔利班最高领导人乌马尔明确表示：“与这样的人谈判是绝对不可能的。”
他还说，克林顿“应被罢免总统职务，并用石头砸死”。乌马尔笃信伊斯兰教，根据传统伊斯兰法典，凡私通之男女均要用石头砸死。
不过，塔利班已开始对拉登作某些“规劝”。8月21日，也即遭袭次日，拉登曾向美国发出警告，声称要对美国空袭进行报复，他说：“战争才刚刚开始，美国人将等待回答。”
据说，乌马尔对拉登此言极为不满，说“塔利班控制区不得有两个中心”，还告诫拉登不得利用阿富汗领土从事针对第三国的政治、军事活动。拉登本人也很快表态要对此“遵从”。
8月末，美国助理国务卿卡尔·因德弗斯重提与塔利班进行包括拉登问题在内的谈判，并称美方已作好谈判准备，但未得到塔利班的积极回应。
美方似乎有些按捺不住。9月2日，五角大楼宣布，将派3架b—52型轰炸机和3架b—2型隐形轰炸机去关岛受训。
随后便从美方传出消息说，这6架巨型轰炸机的调遣意图，是为再度空袭拉登做准备。
9月底，华盛顿高官在接受采访时重申，美国保留袭击拉登的权利，如果必要的话。
此间外交人士认为，在拉登问题上，美国有可能向沙特施加了压力，希望利用沙特与塔利班之间的友好关系，以达到引渡拉登之目的。
虽说美国没有达到消灭或引渡拉登之目的，但拉登目前的日子似乎并不好过。9月18日，拉登负责财务的高级助手穆罕默德·萨利姆在德国被捕。10月4日，拉登的另外3名助手在意大利被抓。此外，自9月初起，菲律宾当局开始搜寻境内伊斯兰极端分子与拉登联络的踪迹，以便最终破获拉登在菲棉兰老岛上的“势力网”。
有传闻说，拉登本人在塔利班控制区内活动也已受到某些“约束”。塔利班一位发言人曾向外界披露，拉登被告知不能向新闻界发表讲话，不得从事针对第三国的政治、军事活动。
9月上旬，一度风传拉登被塔利班当局拘禁在坎大哈附近的一栋房子里。直到9月中旬，拉登返回他在阿东南部省份捕格哈尔省的藏匿地，人们才相信塔利班仍把他当做“阿富汗的客人”。一位知情者曾这样描述拉登现在的生活：他衣着简单，一身普通人装束，住在简陋的土屋内，里面连件像样的家具都没有。喝着生水，嚼着干硬的馕饼。困了就头枕枪械，席地而睡。
当被山区的严寒冻醒时，却发现身边的毛毯竟不足以御寒。除了面对清苦的生活外，拉登还得时刻提防自己的人身安全。
拥有亿万财产的拉登，本来完全可以过上常人难以企及的豪华生活。他之所以甘愿舍弃富贵，啸聚山林，为的是追求一种“崇高理想”，用他自己的话来说即“我们的首要职责是为伊斯兰而战”。
在1996年塔利班夺取政权之前，拉登就已经在阿富汗居住了好几年，现在仍作为塔利班的“客人”生活在那里。
拉登自从1996年被逐出苏丹后，一直躲在阿富汗的崇山峻岭之中。要想抓到拉登，取得塔利班武装的合作显得至关重要，但是这个控制着阿富汗的组织态度十分强硬。
10月下旬，塔利班代表与美国人谈判时提出，在拿出拉登犯罪的证据之前，塔利班不会交出这位阿拉伯兄弟。
美国起诉拉登后，塔利班的态度更趋强硬。它的一位发言人表示，塔利班将“不惜一切代价”保护拉登这位“客人”。
事实上，美国检察官从1995年起就已开始调查本·拉登，当时美国警方怀疑他与制造1993年纽约世界贸易大厦爆炸案的恐怖分子有联系。此外，美国还希望就驻沙特美军遇害事件对本·拉登进行调查问询。据悉，目前本·拉登就住在塔利班总部坎大哈附近，而几乎塔利班所有的领导成员都居住在坎大哈。
美国已经要求塔利班引渡本·拉登。美国官员称，希望能将本·拉登递解到美国和阿富汗之外的第三国，以便在当地对他进行审判，但塔利班现在作出的反应显然与美国的要求相距甚远。
在对待本·拉登一事上，美国的盟友沙特阿拉伯据说与塔利班有分歧。今年早些时候，沙特要求塔利班的大使离开沙特。虽然对这一举动沙特没有正式作出解释，但据外交界的一些人士称，本·拉登在阿富汗藏身是主要原因。本·拉登据说还导致塔利班与联合国关系紧张。今年8月，联合国维和部队的一名意大利士兵在阿富汗喀布尔街头被枪杀，据称这是本·拉登对美国袭击在阿富汗的本·拉登训练基地所采取的报复行动。结果，联合国向阿富汗提供一笔大型援助的计划立即被停止，联合国秘书长安南的阿富汗特使拉赫达尔·卜拉希米结束了与塔利班最高领导人乌马尔的会谈，于10月14日从塔利班总部坎大哈返回伊斯兰堡。他说，阿富汗塔利班武装已经向他明确表示，如果发现确凿的证据，表明目前在阿富汗的沙特亿万富翁、被西方国家通缉的恐怖主义组织头目奥萨马·本·拉登确实介入了恐怖活动，他将被送上审判席。塔利班方面表示，塔利班没有纵容恐怖活动，他们一直在寻找拉登卷入恐怖活动的证据，一旦找到证据，就会将其送上法庭。塔利班已警告拉登，在阿富汗居住期间不要策划针对任何国家的任何行动。
塔利班最高领导人穆罕默德·乌马尔在阿富汗南部城市、塔利班总部坎大哈说，对拉登的审判应由一个由阿富汗人和非阿富汗人组成的联合陪审团来完成。坚决保护拉登
目前塔利班一直在寻找拉登卷人恐怖活动的证据，但迄今还没有发现这方面的线索。
另据报道，拉登目前正在阿富汗修建堡垒，以代替被美国导弹摧毁的基地。据当地人说，一个新的基地目前已经在坎大哈竣工，拉登还准备修更多的基地。
曾有人说，美国导弹袭击拉登在阿富汗的基地后，塔利班曾软禁了拉登，并公开命令他停止恐怖活动，此后他的恐怖活动有所收敛。
塔利班11月6日宣布，它拒绝引渡涉嫌美国使馆爆炸案的亿万富翁本·拉登，但表示如有可能，将在阿富汗对他进行审判。
阿富汗塔利班武装11月9日称，如果美国要捉拿涉嫌制造两起美国使馆爆炸案的亿万富翁本·拉登（原籍沙特），就得在11月20日前拿出有关证据。否则，塔利班将视本·拉登为无罪，所有针对他犯有恐怖主义罪行的指控均不成立。
阿富汗塔利班当局的最高法院11月20日宣布，现居住在阿富汗的沙特籍亿万富翁本·拉登没有参与任何恐怖活动。他说，只要本·拉登保证不参与任何政治和军事活动，塔利班欢迎他继续停留在阿富汗。
菲律宾南部棉兰老岛的警方周六说他们正在调查有关大约70名与沙特激进分子拉登有牵连的极端主义者进入本国的情报报告。
棉兰老区警监扶丝礼洛说调查员收到的报告指出来自巴基斯但、阿富汗和伊朗的极端主义者上月由马来西亚沙巴洲抵达本国。他拒绝说出这些人可能在菲律宾做出什么事。
拉登被认为与一个国际性的伊斯兰救济组织有牵连，该组织为菲律宾南部的极端组织提供支持。